▲白色LEDによりHID灯を再現（DCCのためテールランプも点灯中）。
東海道線名古屋口の主力。
2006年度から113・115・123系の置き換え用として各種の313系の増備が開始された。これらのロットではフルカラーLEDの採用、ヘッドライトのHID化、ブレーキチョッパの採用（一部）など改良が施されている。
5000番代は東海道線名古屋口の快速列車の拡充、および玉突きによる211系5000番代置き換え用に登場したグループで、313系初の6両固定編成となったほか、セミアクティブサスペンション・車間ダンパなど在来線近郊型電車としては先進的な装備を持っているのが大きな特徴となる。
3100番代および他の2007年登場グループに準じている。
車体間ダンパの再現については走行性能悪化の懸念から見送ることとしており、5000番代らしさとしては6両固定編成の再現が主となる。
モハ313-5300については動力無し車とするため、クモハ313床下とサハ313床下の切り継ぎを行った。
▲白色LEDによりHID灯を再現（DCCのためテールランプも点灯中）。