2006年度新規増備グループのうち御殿場・身延線用の少数派。
2006年度から113・115・123系の置き換え用として各種の313系の増備が開始された。これらのロットではフルカラーLEDの採用、ヘッドライトのHID化、ブレーキチョッパの採用（一部）など改良が施されている。
3100番台は3000番台の改良版として2本が製作され、3000番台と共通運用となっている。主な活躍線区は御殿場線と身延線である。
床下機器が多少異なっているが、KATO313系3000番台をベースとし、アンテナ位置の変更やフルカラーLEDの採用などを再現。
またダブルパンタを再現するため、パンタの追加搭載や先頭部屋上の絶縁塗装を再現している。
ダブルパンタでいかつい表情となった。なお3000番台でもパンタの増設が進行中。
フルカラーLEDの種別・行先表示は自作ステッカーで再現。
アンテナ位置が変更され、全先頭車でクモハ313-3000のように車体中央に設置されるようになった。
これを再現するため、元のアンテナを埋めて白色塗装を施した。この白色はMr.ColorのグランプリホワイトとGMカラーの小田急アイボリーから調色している。
実際のアンテナの設置は実物が各種出そろってから一斉に行う予定。
準備工事車も含め、ダブルパンタ対応車はこのように絶縁塗装が施されている。